La 19 iulie 1998, Monitorul Oficial publica legea de înființare a Universității de Medicină și Farmacie din Craiova, vechiul și nobilul deziderat al atâtor generații de medici olteni devenind realitate.
Odată cu înființarea Facultății de Medicină, și evoluția învățământului de boli infecțioase se înscrie pe noi coordonate. În perioada 1976-1977, cursurile magistrale și activitățile didactice la noua disciplină de Boli Infecțioase sunt susținute de prof.dr. Mircea Angelescu, prof. dr. Ludovic Păun, prof. I. Rebedea de la I.M.F. București, sora academică mai mare fiind și în acest domeniu un sprijin de nădejde în dificila perioadă de construcție a noii facultăți craiovene.
Primul cadru de predare titular al disciplinei esteprof. Toma Negomireanu (1928-1998). Născut pe meleaguri gorjene, absolvent al Facultății de medicină din Cluj (1952), prof. dr.Toma Negomireanu vine la conducerea disciplinei și a Clinicii de Boli infecțioase din anul 1977, pe care le va îndruma timp de peste două decenii. Organizează învățământul medical superior de boli infecțioase în tânăra facultate de medicină, scrie primele cursuri pentru studenți, publică împreună cu colectivul de infecționiști peste 100 de lucrări științifice în țară și în străinătate.
Primele cadre didactice titulare sunt dr. E. Gadza Volosciuc, dr. Silvia Munteanu, la care se adaugă apoi dr. Mioara Cotulbea, dr. Dan Hurezeanu, dr. Valentina Ionescu, dr. Augustin Cupșa, dr. Iulian Diaconescu, dr. Carmen Canciovici, dr. Livia Dragonu.
Prin eforturile susținute ale infecționiștilor craioveni, în primul plan fiind dr. Iosif Ciobanu, dr. Leontina Dincă Coțofana, dr. Nicolae Tătaru, s-a construit, pe locul vechilor pavilioane realizate de dr. A. Mețulescu, un modern spital clinic de boli infecțioase. Dat în folosință în anul 1980, și purtând numele de „Spitalul clinic nr. 3 Craiova", spitalul avea o capacitate de aproape 300 paturi pentru adulți și copii, și dispunea de laboratoare și servicii de investigații paraclinice proprii, precum și o bază modernă de învățământ
Din martie 2000, spitalul devine unitate de sine stătătoare împreună cu Clinica de pneumoftiziologie.
În timp, s-a format actualul colectiv de cadre didactice și cadre didactice asociate, mulți absolvenți ai Facultății de medicină din Craiova, care au preluat treptat misiunea luptei cu bolile infecțioase de la o generație de medici remarcabili (în afara celor citați, trebuie amintiți dr. Ștefania Calotă, dr.Marieta Cumpănașu, dr. Marin Canciovici, dr. Marioara Dinuț, dr. Mihai Iorgulescu, dr. Ghe Necea). În spiritul tradiției și al modelului de cooperare postbelic continuă, alături de clinicieni, universitari sau cadre asociate, fiind colegii din celelalte compartimente. Este remarcabilă conlucrarea cu dr. Constanța Ciobanu, care a condus timp de 24 de ani laboratorul clinic, sau cu remarcabilul profesionist din serviciul de radiologie care a fost regretatul dr. I. Diaconu.
Din anul 1996, conducerea disciplinei de boli infecțioase și coordonarea secțiilor clinice a fost preluată de conf. dr. Augustin Cupșa. În cadrul disciplinei se instruiesc anual 3-4 serii de studenți de la Facultatea de Medicină, profilurile medicină și fiziokinetoterapie, studenți de la Facultatea de Stomatologie, de la Colegiul de Medicină, precum și studenți străini în domeniul Medicinii Tropicale.
În prezent, Spitalul Clinic de boli infecțioase funcționează cu 2 secții pentru adulți, conduse de șef lucrări dr. Dan Hurezeanu, respectiv șef lucrări dr. Iulian Diaconescu, și o secție pentru copii (dr. Paulica Surugiu), dispune de servicii de dispensarizare a foștilor bolnavi de hepatite virale acute, a bolnavilor cu infecție HIV/SIDA, a convalescenților de trichineloză, serviciu antirabic.
Învățământul academic s-a extins din anul 2001 și la Secția de Boli Infecțioase a Spitalului Militar de urgență „Dr. Ștefan Odobleja", unde funcționează în prezent două cadre didactice (șef lucrări dr. V. Melinte - în același timp șeful disciplinei epidemiologie din cadrul Facultății de Medicină, asist.dr. M. Manea).
Din martie 2000, secțiile clinice de boli infecțioase împreună cu împreună cu cele de pneumoftiziologie devin unitate de sine stătătoare (director dr. Liviu Dinu), realizând în fapt, la un nivel superior, viziunea de la începutul veacului trecut a memorabilului profesionist și organizator care a fost dr. Aurelian Metzulescu.
Preocupările actualului colectiv s-au direcționat pe dotarea cu echipamente moderne de diagnostic și monitorizare a tratamentului antimicrobian, modernizarea procesului didactic și amplificarea activităților de cercetare.
După 1994, în dotările clinicii au intrat echipamente pentru diagnostic rapid bacteriologic și virusologic, pentru investigații imunologice, hematologice, imagistice. Astfel, laboratorul clinic, condus în prezent de dr. Lucia Godeanu, rămâne în fruntea unităților antiinfecțioase din Oltenia, având o contribuție decisivă în realizarea unui act medical de calitate.